庚子赔款建立了山西大学、清华大学两所大学。
1、山西大学
早在美国政府同意用庚子赔款建立“留美预备学校”之前，庚子赔款就已经用在中国高等教育。
1901年9月，清政府与八国代表签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
《辛丑条约》议定，清政府赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥八国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威六“受害国”军费、损失费4亿5000万两白银，是为“庚子赔款”。 在山西的英国传教士李提摩太积极筹划，利用庚子赔款的一部分，建立了山西大学堂。
2、清华大学
中美双方商定，在北京由清政府外务部负责建立一所留美训练学校。于是，1909年6月，北京设立了游美学务处，这就是清华大学的雏形。
1909年8月，内务府将皇室赐园---清华园，拨给学务处，作为游美肆业馆的馆址，学务处在史家胡同招考了第一批学生，从630名考生中，录取了47人，于10月份赴美。
这就是后来庚款留美学生的由来。1910年8月又举行了第二次招考。400多人应考，最后录取了70人。
这第二批庚款留美学生中，后来出了一个大名鼎鼎的胡适，他当年考了个第55名。同榜中还有后来的语言学家赵元任、气象学家竺可桢等。
这种以掠夺为内容的经济制裁，留给赔款者的是深重的民族苦痛。
其一，从1895年到1913年的18年里，中国民族资本开设的厂矿共有549家，其中资本在100万元以上500万元以下者。不过17家而已。
但截至庚子赔款最后减免或停付为止，中国历年所付白银已达6.5237亿余两，折合银元近10亿。以此量彼，可以见巨量资金流失之下民族经济生机被压抑的程度。
其二，据当时各国调查，中国全年财政收入为白银1亿两，而支出则需1.1亿两，这使得中国不得不将外部的压力转化为内部的压力。
每年赔款均分摊入省，各省又分摊入州县，州县复分摊于各色人等。最后的结果是丁粮加派和旧税愈重、新税愈多，中国社会的每一个人都承受了庚子赔款之苦。
由此产生的一个结果是使得人们更加憎恶外国列强；另一个结果则是抗捐抗税的斗争成为民变主要内容之一。在晚清最后十年里，它们促成社会矛盾的进一步激化。
为后来武昌起义的猛烈一击准备了某种现实的条件。这两种结果，都显示了经济之转化为政治，影响了社会，促成了半殖民制度的确立和半殖民地程度的深化。